Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu trên VNACCS/VCIS

Việt Nam vận hành thông quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS từ năm 2014; phần lớn khâu khai báo, nộp thuế và giám sát nay đã số hóa. Dù vậy, thông quan vẫn là khâu lô hàng hay bị chậm nhất, thường do hồ sơ thiếu, dữ liệu khai sai hoặc kiểm tra chuyên ngành không được lên kế hoạch trước. Bài viết hướng dẫn quy trình nhập khẩu và xuất khẩu, các mã loại hình chính, cơ chế phân luồng, bộ hồ sơ, thời hạn theo luật, cách tính thuế và kiểm tra sau thông quan. Khung pháp lý gồm Luật Hải quan 2014, Nghị định 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP và các thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Chuẩn bị trước khi hàng đi

Xác định mã HS 8 số, thuế suất áp dụng và hàng có cần giấy phép, kiểm tra chuyên ngành, kiểm dịch hay đăng ký trước không.
Kiểm tra điều kiện của người nhập khẩu: một số mặt hàng chỉ thương nhân có giấy phép mới được nhập, hoặc phải đăng ký sản phẩm trước.
Thống nhất với nhà cung cấp điều kiện Incoterms®, mẫu C/O, nội dung hóa đơn và packing list trước khi giao hàng.
Đăng ký kiểm tra chuyên ngành trước qua Cơ chế một cửa quốc gia nếu hàng thuộc diện phải kiểm tra.
Đảm bảo doanh nghiệp hoặc đại lý hải quan có chữ ký số còn hiệu lực đã đăng ký với hải quan.

Một số mã loại hình thường dùng

Mã	Loại hình	Trường hợp sử dụng
A11	Nhập kinh doanh tiêu dùng	Hàng thương mại làm thủ tục tại chi cục hải quan cửa khẩu.
A12	Nhập kinh doanh sản xuất	Máy móc, nguyên liệu cho sản xuất trong nước.
A41	Nhập kinh doanh của doanh nghiệp thực hiện quyền nhập khẩu	Doanh nghiệp FDI nhập hàng theo quyền nhập khẩu.
E21 / E31	Nhập nguyên liệu gia công / sản xuất xuất khẩu	Nguyên liệu cho hợp đồng gia công hoặc sản xuất hàng xuất khẩu.
G11–G14	Tạm nhập	Hàng tạm nhập tái xuất, hội chợ, dự án, thiết bị mượn.
B11	Xuất kinh doanh	Hàng xuất khẩu thương mại thông thường.
E52 / E62	Xuất sản phẩm gia công / sản xuất xuất khẩu	Thành phẩm theo loại hình gia công hoặc SXXK.
H11 / H21	Nhập / xuất khác	Quà biếu, hàng mẫu và các trường hợp phi mậu dịch được phép.

Bảng mã loại hình được Hải quan Việt Nam điều chỉnh theo từng thời kỳ. Luôn kiểm tra bảng mã hiện hành, vì chọn sai loại hình có thể làm thay đổi chính sách thuế và nghĩa vụ quyết toán với hàng gia công, sản xuất xuất khẩu.

Quy trình thông quan hàng nhập khẩu

Nhận thông báo hàng đến từ hãng tàu hoặc forwarder; kiểm tra dữ liệu manifest và thanh toán để lấy lệnh giao hàng.
Khai báo thông tin trước (IDA): nhập dữ liệu tờ khai trên VNACCS, hệ thống trả về số thuế tính sẵn để kiểm tra.
Đăng ký tờ khai chính thức (IDC): sau khi xác nhận dữ liệu, tờ khai được đăng ký và hệ thống phân luồng.
Xử lý theo luồng xanh, vàng hoặc đỏ như mô tả bên dưới; hải quan có thể yêu cầu bổ sung chứng từ hoặc kiểm tra thực tế.
Nộp thuế điện tử, hoặc được bảo lãnh bằng ngân hàng trong trường hợp được phép.
Thông quan hoặc giải phóng hàng: hải quan quyết định thông quan, hoặc giải phóng hàng khi chờ xác định số thuế, kết quả kiểm tra theo quy định.
Lấy hàng tại cảng: tờ khai được đối chiếu với container trên hệ thống giám sát tự động tại cảng, thanh toán phí địa phương và nhận container.

Quy trình thông quan hàng xuất khẩu

Chuẩn bị hóa đơn, packing list, hợp đồng, xác nhận booking và giấy phép xuất khẩu nếu có.
Khai tờ khai xuất khẩu (EDA, sau đó EDC) sau khi đã tập kết hàng hóa tại địa điểm khai báo và chậm nhất 4 giờ trước khi phương tiện xuất cảnh (2 giờ với hàng chuyển phát nhanh).
Hoàn tất thủ tục theo luồng; với luồng đỏ phải xuất trình hàng để kiểm tra.
Hạ container tại cảng; dữ liệu giám sát được đối chiếu trước khi xếp tàu.
Nhận vận đơn và, nếu cần, xin C/O dựa trên tờ khai xuất khẩu đã thông quan.

Phân luồng xanh, vàng, đỏ

Luồng	Hải quan kiểm tra gì	Ảnh hưởng thực tế
Xanh	Miễn kiểm tra hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa	Thông quan ngay khi thuế đã nộp hoặc được bảo lãnh.
Vàng	Kiểm tra hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế	Nộp chứng từ điện tử, giải trình kịp thời khi được hỏi.
Đỏ	Kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế một phần hoặc toàn bộ, thường qua máy soi	Đưa container đến khu vực kiểm hóa và có mặt khi kiểm tra.

Việc phân luồng do hệ thống quản lý rủi ro quyết định dựa trên lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp, mặt hàng, xuất xứ, tuyến đường và các tiêu chí khác. Doanh nghiệp chấp hành tốt, nhất là doanh nghiệp ưu tiên (AEO), được phân luồng xanh nhiều hơn. Luồng xanh không có nghĩa tờ khai là bất biến: dữ liệu vẫn có thể bị kiểm tra sau thông quan.

Kiểm tra chuyên ngành

Nhiều mặt hàng ngoài kiểm tra hải quan còn chịu quản lý, kiểm tra chuyên ngành của các bộ: kiểm dịch thực vật, động vật, kiểm tra an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng sản phẩm có nguy cơ gây mất an toàn, dán nhãn năng lượng, giấy phép với thuốc, hóa chất, thiết bị vô tuyến hay máy móc đã qua sử dụng. Phần lớn hồ sơ đăng ký và kết quả được xử lý qua Cơ chế một cửa quốc gia. Với một số mặt hàng, doanh nghiệp được đưa hàng về bảo quản tại kho riêng trong khi chờ kết quả, nhưng không được sử dụng hay bán trước khi có kết quả đạt. Kiểm tra chuyên ngành không lên kế hoạch trước là nguyên nhân phổ biến nhất gây phí lưu container tại cảng Việt Nam.

Bộ hồ sơ thường cần

Tờ khai hải quan; với hàng nhập: hóa đơn thương mại và chứng từ vận tải (vận đơn hoặc vận đơn hàng không).
Packing list, hợp đồng, catalogue hoặc tài liệu kỹ thuật khi được yêu cầu, nhất là với luồng vàng và đỏ.
C/O hoặc chứng từ tự chứng nhận xuất xứ để hưởng ưu đãi FTA.
Giấy phép nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành hoặc văn bản miễn kiểm tra khi cần.
Chứng từ trị giá với giao dịch giữa các bên liên kết, phí bản quyền hoặc các khoản điều chỉnh khác.

Thời hạn theo quy định

Theo Luật Hải quan, tờ khai hàng nhập khẩu được nộp trước ngày hàng đến cửa khẩu hoặc trong 30 ngày kể từ ngày hàng đến. Cơ quan hải quan hoàn thành kiểm tra hồ sơ chậm nhất 2 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ, và kiểm tra thực tế chậm nhất 8 giờ làm việc kể từ khi người khai xuất trình đủ hàng hóa; lô hàng lớn, phức tạp có thể gia hạn tối đa 2 ngày. Thực tế, lô hàng luồng xanh chuẩn bị tốt có thể thông quan trong ngày; luồng đỏ có kiểm tra chuyên ngành có thể mất vài ngày hoặc lâu hơn.

Thuế nhập khẩu, VAT và các loại thuế khác

Thuế nhập khẩu tính trên trị giá hải quan, thông thường là trị giá giao dịch bao gồm cước vận tải và bảo hiểm đến cửa khẩu nhập đầu tiên, nhân với thuế suất MFN hoặc ưu đãi đặc biệt theo FTA. Thuế tiêu thụ đặc biệt áp dụng với hàng thuộc danh mục như rượu, ô tô, một số hàng xa xỉ; thuế bảo vệ môi trường áp dụng với xăng dầu, túi ni lông và một số sản phẩm khác. Thuế GTGT hàng nhập khẩu tính trên trị giá hải quan cộng thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường, với thuế suất 10%, 5% hoặc không chịu thuế tùy mặt hàng, và có thể được giảm tạm thời theo chính sách từng thời kỳ. Ngoài ra có thể phát sinh thuế chống bán phá giá, chống trợ cấp hoặc tự vệ.

Kiểm tra sau thông quan

Cơ quan hải quan có thể kiểm tra sau thông quan trong thời hạn 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai, tại trụ sở hải quan hoặc tại trụ sở doanh nghiệp. Nội dung thường tập trung vào mã HS, trị giá hải quan (kể cả giao dịch liên kết và phí bản quyền), xuất xứ và ưu đãi thuế, cũng như việc sử dụng, quyết toán nguyên liệu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu. Hãy lưu đầy đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán, tài liệu kỹ thuật và hồ sơ xuất xứ của từng tờ khai.

Kinh nghiệm thực tế

Gửi hóa đơn, packing list nháp cho đại lý hải quan trước khi hàng đi để sửa sai lệch khi hàng còn ở đầu xuất.
Dùng mô tả hàng thống nhất trên hóa đơn, packing list, C/O và tờ khai.
Đưa thời gian kiểm tra chuyên ngành vào kế hoạch và thương lượng thêm ngày miễn phí lưu container khi cần.
Chủ động khai bổ sung trong thời hạn luật định thay vì chờ kiểm tra.
Làm việc với đại lý có kinh nghiệm; đội ngũ hải quan của GLG làm thủ tục tại các cảng biển, sân bay và cửa khẩu chính của Việt Nam.

Câu hỏi thường gặp

Thông quan ở Việt Nam mất bao lâu?

Tờ khai luồng xanh đầy đủ hồ sơ có thể thông quan trong ngày. Luồng vàng, đỏ và hàng phải kiểm tra chuyên ngành mất từ một đến vài ngày tùy loại kiểm tra.

Có được khai hải quan trước khi tàu đến không?

Có. Tờ khai nhập khẩu được nộp trước ngày hàng đến dựa trên dữ liệu manifest, hoặc trong 30 ngày kể từ ngày hàng đến.

Luồng vàng và luồng đỏ khác nhau thế nào?

Luồng vàng chỉ kiểm tra hồ sơ; luồng đỏ kiểm tra cả hồ sơ và thực tế hàng hóa.

Hải quan được kiểm tra lại tờ khai trong bao lâu?

Kiểm tra sau thông quan có thể thực hiện với các tờ khai đăng ký trong vòng 5 năm trước đó.

Nội dung mang tính tham khảo, không thay thế tư vấn pháp lý hoặc ngân hàng cho từng giao dịch.

Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại Việt Nam: hướng dẫn từng bước